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Alain Fischer est l’un des membres fondateurs d’Imagine. Après avoir passé son diplôme de médecine avec Claude Griscelli, il est nommé professeur d’immunologie, puis directeur de l’unité Inserm « Développement normal et pathologique du système immunitaire », en 1991. De 1996 à 2012, il est est chef de l'unité Immunologie et hématologie pédiatriques de l’hôpital Necker-Enfants malades.
Il est membre de l’académie des sciences et titulaire de la chaire de médecine expérimentale au Collège de France.
Les travaux d'Alain Fischer portent depuis des années sur les déficits immunitaires acquis dès la naissance et le développement de stratégie comme la thérapie génique.
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