Chiara Guerrera

Les approches protéomiques sont essentielles à la recherche clinique et fondamentale pour étudier les maladies au niveau des protéines et ainsi aider à comprendre les mécanismes sous-jacents.

Créé en 2004, la Plateforme de protéomique Necker (PPN) a pour mission de permettre aux équipes du campus Necker de mener à bien leurs projets de protéomique ; elle est ouverte aux instituts de recherche et aux départements cliniques. La PPN fait partie de SFR Necker, et est l'un des deux laboratoires constitutifs de la plateforme de protéomique de l'Université Paris Descartes (3P5). Depuis 2011, la PPN est un partenaire important de la plateforme de spectrométrie de masse AP-HP Necker pour le développement d'approches protéomiques translationnelles innovantes. Le parc instrumental de la PPN comprend deux spectromètres de masse de nouvelle génération dédiés à l'analyse et à la quantification à haut débit des protéines.

Grâce à ses activités de service, de collaboration et de recherche et développement, la PPN offre des technologies et une expertise de pointe pour aider à comprendre les maladies (PTMs, protéomique différentielle et d'interaction) et pour développer des tests cliniques de diagnostic/pronostic par MS (protéomique translationnelle et ciblée).

Équipement disponible

La PPN est équipée de

• Octet red96, installé en 2016 (financé par Ibisa et l'INEM)
• Nano-RSLC couplé à un Q Exactive Plus Orbitrap (Thermoscientifics): installé en 2014 et cofinancé à 50% par Imagine
• UPLC couplé à un TQS Xevo (Waters) (partagé avec la plateforme MS Necker AP-HP)
• MALDI TOF TOF Autoflex (Bruker)
• Nano-HPLC couplée à Ion Trap HCTplus (Bruker)
• Équipement 1D et 2D PAGE (Biorad)
• OFFgel Fractionator (Agilent)

Le PPN a accès à

• Nano-RSLC couplé à un Q Exactive Orbitrap (Thermoscientifics) (3P5, campus de Cochin)
• Nano-RSLC couplé à Orbitrap Fusion (Thermoscientifics) (3P5, campus de Cochin)
• Nano-RSLC couplé à LTQ Orbitrap Velos (Thermoscientifics) (3P5, campus de Cochin)

Expertise et service fournis

La PPN fournit :

• Conseil aux chercheurs et conception d'une stratégie adaptée à leur projet
• Identification des protéines pour les mélanges simples ou complexes
• Identification et quantification des protéines (à l'aide des méthodes SILAC, ITRAQ, Labelfree)
• Quantification absolue des protéines (à l'aide des méthodes MRM et PRM)
• Analyse de données statistiques et bioinformatiques (principalement à l'aide des logiciels Mascot, Skyline, MaxQuant, Perseus)
• Analyse de biologie des systèmes à l'aide de graphe de réseau de protéines (principalement à l'aide du logiciel Ingenuity, AmiGO)

Applications

• Identification de nouvelles interactions protéine-protéine, ARN-protéine, ADN-protéine
• Identification et quantification des PTMs, tels que l'acétylation et la phosphorylation
• Étude du protéome différentiel dans la maladie vs contrôle
• Dosage multiple de protéines connues
• Découverte et validation des biomarqueurs
• Contrôles de qualité des protéines recombinantes